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26.10.2019 | Annotated Sequence Record

Complete nucleotide sequence of loquat virus A, a member of the family Betaflexiviridae with a novel genome organization

verfasst von: Qiyan Liu, Liu Yang, Zhiyou Xuan, Jiaxing Wu, Yuanjian Qiu, Song Zhang, Di Wu, Changyong Zhou, Mengji Cao

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Abstract

Analysis of a loquat tree with leaf curl symptoms by deep sequencing revealed a novel virus with a single-stranded RNA genome, for which the name “loquat virus A” (LoVA) was proposed. The complete genome sequence comprised 7553 nucleotides (nt) and an additional poly(A) tail at the 3′ terminus. Sequence comparisons of LoVA showed moderate similarity to cherry virus A (CVA), currant virus A (CuVA), and mume virus A (MuVA), which are members of the genus Capillovirus in the family Betaflexiviridae. Phylogenetic analysis of the full-genome nt sequence and replicase-like protein supported the placement of LoVA within the genus Capillovirus. However, it has a distinct genome organization, differing from recognized capilloviruses, as it contains three open reading frames (ORFs), with the coat protein (CP) expressed separately from the replication-associated protein (RP) rather than being encoded in the same ORF. This indicates that LoVA is a novel member of the genus Capillovirus in the family Betaflexiviridae with a distinct genomic organization.

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Titel: Complete nucleotide sequence of loquat virus A, a member of the family Betaflexiviridae with a novel genome organization
verfasst von: Qiyan Liu
Liu Yang
Zhiyou Xuan
Jiaxing Wu
Yuanjian Qiu
Song Zhang
Di Wu
Changyong Zhou
Mengji Cao
Publikationsdatum: 26.10.2019
Verlag: Springer Vienna
Erschienen in: Archives of Virology
Print ISSN: 0304-8608
Elektronische ISSN: 1432-8798
DOI: https://doi.org/10.1007/s00705-019-04444-1

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